現在マグボットで使用しているjQuery、jQuery Mobileは
jquery-2.2.4.min.js
jquery.mobile-1.4.5.min.css
jquery.mobile-1.4.5.js
です。

jQueryの最新版は、jquery-3.2.1.minですがこれを使うとjQuery Mobileとの相性が悪くてマグボットのUIが表示できません。
以上の組み合わせで作るしかないのでが、jquery-2.2.4.min.jsがjQueryのサイトで見当たりません。

探したところjquery-2.2.4.min.jsは、
https://code.jquery.com/jquery-2.2.4.min.js
にあります。開くとそのままコードが見えてしまうので、ファイルとしてダウンロードしてください。
Macだと右クリックで、「リンク先のファイルとダウンロード」を選択してください。ダウンロードが始まります。
http://blog.mudatobunka.org/entry/2016/09/04/023121
を参考にしました。

また、jQuery CDNを使用する方法があります。これはローカルのファイルではなくネット上にあるjQueryを使用する方法です。
マグボットがネットに繋がっている必要があります。
この場合、
mugbot-web-1.1.html、mugbot-web-1.2.html
の

の部分を

に置き換えてください。
ちなみに「min」というのは圧縮版という意味なのでminのついていないjQuery、jQuery Mobileを使っても問題ありません。
その場合は、
<script src=”jquery-2.2.4.min.js” type=”text/javascript”></script>
の中も、minのないファイル名に置き換えてください。